Výstupy

 

Projekty, publikácie, príspevky, publicita

publikácie

príspevky

projekty

publicita

Aj keď DNA barkóding a budovanie referenčných knižníc vodnej bioty Slovenska je hlavnou náplňou tejto iniciatívy, nevyhnutnou súčasťou našej vedeckej práce je riešenie vedeckých projektov, z ktorých je AquaBOL.SK spolufinancovaná a prezentácia ideí DNA barkódingu a dosiahnutých výsledkov vedeckej komunite, ako aj laickej verejnosti – formou vedeckých a odborných článkov, príspevkov na vedeckých podujatiach, či prezentácií pre verejnosť.

Publikácie

Metabarcoding of macrozoobenthos samples, 2021 (Scientific Report: A Shared Analysis of the Danube River, Chapter 13, p. 121-132)

Beermann, A., Leese, F., Macher, T.-H., Buchner, D., Čiampor Jr, F, Čiamporová-Zaťovičová, Z., Cíchová, M., Očadlík, M., Paunović, M., Csányi, B. & Weigand, A. In: JOINT DANUBE SURVEY 4 SCIENTIFIC REPORT: A SHARED ANALYSIS OF THE DANUBE RIVER

Metabarcoding of fish eDNA samples, 2021 (Scientific Report: A Shared Analysis of the Danube River, Chapter 14, p. 133-144)

Pont, D., Keskin, E., Meulenbroek, P., Ünal, E.M., Bammer, V., Dejean, T., Er, A., Erős, T., Jean, P., Lenhardt, M., Nagel, Ch., Pekárik, L., Schabuss, M., Stoeckle, B., Stoica, E., Valentini, A., Zornig, H. & Weigand, A.M. In: JOINT DANUBE SURVEY 4 SCIENTIFIC REPORT: A SHARED ANALYSIS OF THE DANUBE RIVER

Metadata standards and practical guidelines for specimen and DNA curation when building barcode reference libraries for aquatic life, 2021

Rimet, F., Aylagas, E., Borja, A., Bouchez, A., Canino, A., Chauvin, Ch., Chonova, T., Čiampor Jr, F., Costa, F.O., Ferrari, B.J.D., Gastineau, R., Goulon, Ch., Gugger, M., Holzmann, M., Jahn, R., Kahlert, M., Kusber, W.-H., Laplace-Treyture, Ch., Leese, F., Leliaert, F., Mann, D.G., Marchand, F., Méléder, V., Pawlowski, J., Rasconi, S., Rivera, S., Rougerie, R., Schweizer, M., Trobajo, R., Vasselon, V., Vivien, R., Weigand, A., Witkowski, A., Zimmermann, J. & Ekrem, T. In: Metabarcoding and Metagenomics 5: e58056

An urban Blitz with a twist: rapid biodiversity assessment using aquatic environmental DNA, 2021

Hupało, K., Majaneva, M., Czachur, M.V., Sire, L., Marquina, D., Lijtmaer, D.A., Ivanov, V., Leidenberger, S., Čiampor Jr, F., Čiamporová‐Zaťovičová, Z., Mendes, I.S., Desiderato, A., Topstad, L., Meganck, K., Hariz Z. A., D., Kjærstad, G., Lin, X.-L., Price, B., Stevens, M., Ekrem, T. & Deiner, K. In Environmental DNA 3: 200-213, DOI: 10.1002/edn3.152

The tale of springs and streams: how different aquatic ecosystems impacted the mtDNA population structure of two riffle beetles in the Western Carpathians, 2020

Bozáňová, J., Čiamporová-Zaťovičová, Z., Čiampor Jr, F., Mamos, T. & Grabowski, M. In PeerJ 8:e10039 http://doi.org/10.7717/peerj.10039

DNA barcode reference libraries for the monitoring of aquatic biota in Europe: Gap-analysis and recommendations for future work, 2019

Hannah Weigand, Arne J. Beermann, Fedor Čiampor Jr, Filipe O. Costa, Zoltán Csabai, Sofia Duarte, Matthias F. Geiger, Michał Grabowski, Frédéric Rimet, Björn Rulik, Malin Strand, Nikolaus Szucsich, Alexander M. Weigand, Endre Willassen, Sofia A. Wyler, Agnès Bouchez, Angel Borja, Zuzana Čiamporová-Zaťovičová, Sónia Ferreira, KD Dijkstra, Ursula Eisendle, Jörg Freyhof, Piotr Gadawski, Wolfram Graf, Arne Haegerbaeumer, Berry B. van der Hoorn, Bella Japoshvili, Lujza Keresztes, Emre Keskin, Florian Leese, Jan Macher, Tomasz Mamos, Guy Paz, Vladimir Pešić, Daniela Maric Pfannkuchen, Martin Andreas Pfannkuchen, Benjamin W. Price, Buki Rinkevich, Marcos A. L. Teixeira, Gábor Várbíró, Torbjørn Ekrem. In Science of the Total Environment, 2019, 678:499-524.

Current stocking program of the sterlet (Acipenser ruthenus, L.) can negatively shape its genetic variability in the Middle Danube, 2019

Ladislav Pekárik, Zuzana Čiamporová-Zaťovičová, Darina Arendt, Fedor Čiampor Jr. In Knowledge and Management of Aquatic Ecosystems 420: 19. https://doi.org/10.1051/kmae/2019004.

Why we need sustainable networks bridging countries, disciplines, cultures and generations for aquatic Biomonitoring 2.0: A perspective derived from the DNAqua-Net COST action, 2018

Leese, Florian, Bouchez, Agnès, Abarenkov, Kessy, Altermatt, Florian, Borja, Ángel, Bruce, Kat, Ekrem, Torbjørn, Čiampor Jr, Fedor, Čiamporová-Zaťovičová, Zuzana, Costa, Filipe, Duarte, Sofia, Elbrecht, Vasco, Fontaneto, Diego, Franc, Alain, Geiger, Matthias F., Hering, Daniel, Kahlert, Maria, Stroil, Belma Kalamujic, Kelly, Martyn G., Keskin, Emre, Liska, Igor, Mergen, Patricia, Meissner, Kristian, Pawlowski, Jan, Penev, Lyubomir, Reyjol, Yorick, Rotter, Ana, Steinke, Dirk, Wal, Bas Van Der, Vitecek, Simon, Zimmermann, Jonas, Weigand, Alexander M. In Advances in Ecological Research, 2018, vol. 58, p. 63-99. (4.912 – IF2017). ISSN 0065-2504.

Alpine lakes and ponds – a promising source of high genetic diversity in metapopulations of aquatic insects, 2017

Čiamporová-Zaťovičová, Z. & Čiampor Jr., F. In Inland Waters 7(1): 109-117, DOI 10.1080/20442041.2017.1294361

Development of microsatellite loci for two Agabus diving beetle species from the pooled DNA and testing their utility in mountain lake populations, 2017

Šípošová, D., Čiamporová-Zaťovičová, Z. & Čiampor Jr., F. In Limnologica 67: 7-19

Developing new genetic tools for bioassessment and monitoring of aquatic ecosystems in Europe, 2016

Leese, Florian, Altermatt, Florian, Bouchez, Agnès, Ekrem, Torbjørn, Hering, Daniel, Meissner, Kristian, Mergen, Patricia, Pawlowski, Jan, Piggott, Jeremy Jay, Rimet, Frédéric, Steinke, Dirk, Taberlet, Pierre, Weigand, Alexander M., Abarenkov, Kessy, Beja, Pedro, Bervoets, Lieven, Björnsdóttir, Snaedis, Boets, Pieter, Boggero, A., Bones, Atle Magnar, Borja, Ángel, Bruce, Kat, Bursić, Vojislava, Carlsson, Jeans, Čiampor Jr, Fedor, Čiamporová-Zaťovičová, Zuzana, Coissac, Eric, Costa, Filipe, Costache, Marieta, Creer, Simon, Csabai, Zoltán, Deiner, Kristy, Delvalls, Ángel, Duarte, Sofia, Eleršek, Tina, Fazi, Stefano, Fišer, Cene, Flot, Jean-François, Fonseca, Vera, Fontaneto, Diego, Grabowski, Michael, Graf, Wolfram, Guðbrandsson, Jóhannes, Hellström, Micaela, Hershkovitz, Yaron, Hollingsworth, Peter, Japoshvili, Bella, Jones, John I., Kahlert, Maria, Stroil, Belma Kalamujic, Kasapidis, Panagiotis, Kelly, Martyn G., Kelly-Quinn, Mary, Keskin, Emre, Kõljalg, Urmas, Ljubešić, Zrinka, Maček, Irena, Mächler, Elvira, Mahon, Andrew, Marečková, Marketa, Mejdandzic, Maja, Mircheva, Georgina, Montagna, Matteo, Moritz, Christian, Mulk, Vallo, Naumoski, Andreja, Navodaru, Ion, Padisák, Judit, Pálsson, Snæbjörn, Panksep, Kristel, Penev, Lyubomir, Petrusek, Adam, Pfannkuchen, Martin Andreas, Primmer, Craig R., Rinkevich, Baruch, Rotter, Ana, Schmidt-Kloiber, Astrid, Segurado, Pedro, Speksnijder, Arjen, Stoev, Pavel, Strand, Malin, Šulčius, Sigitas, Sundberg, Per, Traugott, Michael, Tsigenopoulos, Costas, Turon, Xavier, Valentini, Alice, Hoorn, Berry Van Der, Várbíró, Gábor, Hadjilyra, Marlen Ines Vasquez, Viguri, Javier, Vitonytė, Irma, Voglier, Alfried, Vrålstad, Trude, Wägele, Wolfgang, Wenne, Roman, Winding, Anne, Woodward, Guy, Zegura, Bojana, Zimmermann, Jonas.  In Research Ideas and Outcomes, 2016, vol. 2, e11321. ISSN 2367-7163.

Integrating molecular tools into freshwater ecology: developments and opportunities, 2014

Pauls, S.U., Alp, M., Bálint, M., Bernabo, P., Čiampor Jr., F., Čiamporová-Zaťovičová, Z., Finn, D.S., Kohout, J., Leese, F., Lencioni, V., Paz-Vinaz, I.&Monaghan, M.T. In Freshwater Biology, 59: 1559-1576, doi:10.1111/fwb.12381

Príspevky

V tejto časti uvádzame príspevky z vedeckých konferencií, v odborných a populárno-náučných periodikách, ako aj v iných médiách, kde prezentujeme tému DNA barkódingu a jeho opodstatnenia v štúdiu vodnej bioty.

AquaBOL.SK - how far have we come with the Slovak reference barcode database since DNAqua-Net was launched?, 2021

Čiamporová-Zaťovičová, Z., Macko, P., Šamulková, M., Vargovčík, O., Bozáňová, J. & Čiampor Jr, F. In: ARPHA Conference Abstracts 4: e64939. https://doi.org/10.3897/aca.4.e64939

The first step towards a DNA barcode reference database for mayflies (Ephemeroptera) of Slovakia, 2021
New kid on the block: Research of alpine- lake macroinvertebrates in the Tatra Mountains enhanced by DNA barcoding and metabarcoding, 2021
The value of DNA barcoding in a hotspot area: an example of Rhyacophila tristis (Trichoptera) in the Western Carpathians, 2021
Dots on Earth with huge genetic diversity: relict flatworm Crenobia alpina in the alpine lakes of Tatra Mountains, 2021
DNA vo vodách Dunaja (budúcnosť monitoringu?), 2020

Čiampor Jr, F. & Čiamporová-Zaťovičová, Z. In Limnologický spravodajca 14/1-2: 21-25

DNA metabarkóding vodných bezstavovcov troch tatranských plies, 2020

Vargovčík, O., Čiamporová-Zaťovičová, Z. & Čiampor, F.  In Študentská vedecká konferencia PriF UK 2020, Zborník recenzovaných príspevkov, 18. november 2020, Bratislava, SR

Integrative evidence for hidden species diversity and long-term divergence within Gammarus balcanicus Schäferna 1923 morphospecies in the northernmost part of the Carpathian Arc, 2019

Jażdżewski, K., Mamos, T., Čiamporová-Zaťovičová, Z., Čiampor Jr, F. & Grabowski, M. In 18thICAInternational Colloquim on Amphipoda, Dijon – France, 26-30 August 2019

AquaBOL.SK – barcoding of Slovak aquatic biota launched in the mountains, 2019

ČIAMPOROVÁ-ZAŤOVIČOVÁ, Zuzana – MACKO, Patrik – VARGOVČÍK, Ondrej – ČIAMPOR Jr, Fedor 2019. In Genome, 2019, 62: 361, dx.doi.org/10.1139/gen-2019-0097

POSTER

AquaBOL.SK - DNA barkóding vodnej bioty Slovenska, 2019

Čiampor Jr, F. & Čiamporová-Zaťovičová, Z. In Limnologický spravodajca 13/1: 22-24. ISSN 1337-2971

Aquatic survey in the driest European country: Building a public aquatic macroinvertebrate DNA barcode reference library for Malta, 2019

Csabai, Z., Rewicz, T., Móra, A., Pernecker, B., Gadawski,, P., Hupało,, K., Grabowski, M., ČiamporJr., F., Čiamporová-Zaťovičová, Z., Berchi, G.M., Godunko, R., Sant, Q. & Calleja, E. In Sertić Perić, M., Miliša, M., Gračan, R., Ivković, M., Buj, I., Mičetić Stanković, V.(eds), SEFS11 Abstract book, Croatian Association of Freshwater Ecologists, Zagreb, Croatia.

True story of the riffle beetles diversity in Latin America – revealed by DNA barcoding, 2019

Čiampor Jr, F., Linský, M. & Čiamporová-Zaťovičová, Z. In Scientific abstracts from the 8th International Barcode of Life Conference.Genome 62(6): 361, dx.doi.org/10.1139/gen-2019-0097

POSTER

AquaBOL.SK – platforma pre barkóding vodnej bioty Slovenska, 2019

Čiamporová-Zaťovičová, Z.& Čiampor Jr, F. In 12. Jarný limnologický seminár, Zborník abstraktov, 25.-26. apríl 2019, Trenčianske Jastrabie. Limnologický spravodajca, 13, Suppl. 1

Slovak aquatic macroinvertebrate fauna DNA barcoding – status quo, 2018

ČIAMPOROVÁ-ZAŤOVIČOVÁ, Zuzana – BOZÁŇOVÁ, Jana – MACKO, P. – ČIAMPOR, Fedor, ml. Book of Abstracts. In CESAMIR – 3rd Central European Symposium for Aquatic Macroinvertebrate Research, 8-13 July 2018, Łódź, Poland. – Łódź : University of Łódź, 2018, s. 95

POSTER

Genetic diversity of aquatic invertebrates in the Western Carpathians, 2018

Bozáňová, J., Čiampor Jr, F., Mamos, T., Grabowski, M. & Čiamporová-Zaťovičová, Z. In Rewicz, Z., Wysocka, A., Bacela-Spychalska, K., Grabowski, M. & Hupalo, K.Book of abstracts, 3rdCentral European Symposium for Aquatic Macroinvertebrate Research (CESAMIR), 8-13 July 2018, Łódź, Poland

Biomonitoring 2.0 – nový „vietor“ v hodnotení stavu a kvality našich vôd, 2018

ČIAMPOR, Fedor, ml. – ČIAMPOROVÁ-ZAŤOVIČOVÁ. In Limnospol 2018. Sborník příspěvků. XVIII. konference České limnologické společnosti a Slovenskej limnologickej spoločnosti, 25. – 29. června 2018, Kořenov. – Praha : Česká limnologická společnost, 2018, s. 16-17

Biomonitoring vôd novej generácie, 2018

ČIAMPOR, Fedor, ml. – ČIAMPOROVÁ-ZAŤOVIČOVÁ, Zuzana. In Limnologický spravodajca, 2018, roč. 12, č. 1, s. 9-12. ISSN 1337-2971

Vývoj nových genetických nástrojov na hodnotenie stavu bioty vodných ekosystémov Európy, 2018

Veda na dosah 21. januára 2018

In search for refugia in Western Carpathians through DNA barcoding. The case of stoneflies (Plecoptera), 2018

FLORKOWSKA, Magda – TOŃCZYK, G. – ČIAMPOROVÁ-ZAŤOVIČOVÁ, Zuzana – ČIAMPOR, Fedor, ml. – GRABOWSKI, Michael – MAMOS, Tomasz. In Book of Abstracts. In CESAMIR – 3rd Central European Symposium for Aquatic Macroinvertebrate Research, 8-13 July 2018, Łódź, Poland. – Łódź : University of Łódź, 2018, s. 105

POSTER

Molekulárna diverzita vodných chrobákov (Coleoptera) tatranských jazier, 2018

MACKO, Patrik – ČIAMPOR, Fedor, ml. – ČIAMPOROVÁ-ZAŤOVIČOVÁ, Zuzana. In Limnospol 2018. Sborník příspěvků. XVIII. konference České limnologické společnosti a Slovenskej limnologickej spoločnosti, 25. – 29. června 2018, Kořenov. – Praha : Česká limnologická společnost, 2018, s. 66

O krôčik bližšie k (e)DNA metabarkódingu našich vôd, 2018

ČIAMPOR, Fedor, ml. Limnologický spravodajca, 2018, roč. 12, č. 2, s. 28-29. ISSN 1337-2971

DNA barcoding of aquatic macroinvertebrate fauna of Slovakia – first insight, 2017

Zuzana Čiamporová-Zaťovičová, Darina Šípošová, Jana Bozáňová, Patrik Macko, Fedor Čiampor Jr. In Abstract Book, 10 Symposium for European Freshwater Sciences, Olomouc, Czech Republic, July 2-7 2017, p. 397

POSTER

DNA barcode reference library of gammarids from the Carpathian biodiversity and endemism hotspot, 2017

Mamos, T., Copilaş-Ciocianu, D., Wattier, R., Čiampor Jr., F., Čiamporová-Zaťovičová, Z.,Petrusek, A. & Grabowski, M. In Digital Abstract Book, DNAqua-Net Kick-Off Conference (EU COST Action CA15219), March 6-9 2017, Essen, Germany

DNA barkóding vodnej fauny: prečo, načo a ako je to u nás na Slovensku, 2017

ČIAMPOR, Fedor, ml. – ČIAMPOROVÁ-ZAŤOVIČOVÁ, Zuzana. In Limnologický spravodajca. Zborník abstraktov, 10. jarný limnologický seminár, 27.-28. apríl 2017, Banská Štiavnica, 2017, roč. 11, suppl. 1, s. 9. ISSN 1337-2971

Projekty

V tejto časti uvádzame výskumné projekty, na ktorých riešení sa aktuálne podieľame, a ktoré pomáhajú financovať aktivity AquaBOL.SK.

Ako environmentálna DNA (eDNA) odráža život v alpínskych jazerách a ich povodiach: DNA metabarkóding vo výskume tatranských plies - VEGA2/0084/21

Horské jazerá sú z globálneho hľadiska unikátne vodné biotopy, ktoré významne prispievajú k tvorbe regionálnej biodiverzity a zachovaniu ekosystémových služieb. Mnohé z týchto biotopov sú však ohrozené, a to najmä ľudskou činnosťou a zmenou klímy. Ich ochrana je preto nutná, ale musí byť založená na presných a aktuálnych dátach. Projekt, v nadväznosti na doterajší výskum tatranských plies, po prvýkrát využije v hodnotení biodiverzity alpínskych jazier inovatívne molekulárne metódy: metabarkóding, analýzu environmentálnej DNA, NGS. Tie majú veľký potenciál presne a podrobne opísať aktuálny stav biodiverzity plies, resp. ich povodí, identifikovať výskyt zriedkavých/nepôvodných druhov, determinovať vplyv faktorov prostredia na vodnú biotu a zhodnotiť genetickú variabilitu druhov. Súčasťou projektu je generovanie referenčných molekulárnych dát (DNA barkóding) vodnej fauny Tatier, ktoré sú nevyhnutné pre správnu interpretáciu výstupov metabarkódingu a umožnia ich využitie v modernom monitoringu.

Vývoj nových genetických nástrojov na biologické hodnotenie vodných ekosystémov v Európe - EU COST CA15219

Cieľom projektu je vytvoriť sieť odborníkov a tímov z viacerých vedných disciplín s úlohou identifikovať najvhodnejšie, štandardne využiteľné genetické nástroje a eko-genetické indexy pre rutinné využitie v hodnotení stavu biodiverzity európskych vôd. Úlohou COST akcie je v spolupráci s aplikovanou sférou v oblasti vodného hospodárstva, politikov a ďalších partnerov vytvoriť funkčný rámec pre aplikáciu eko-genetických techník v hodnotení biologického stavu ekosystémov.

Poznanie genómovej biodiverzity pre odolné ekosystémy - EU COST CA18134

V rýchlo sa meniacom prostredí závisí odolnosť ekosystémov v konečnom dôsledku od adaptability druhov. G-BIKE poskytne štandardné a rutinné nástroje na posudzovanie, monitorovanie a manažment genetickej odolnosti a súvisiaceho adaptačného potenciálu populácií. G-BIKE pomôže odborníkom v celej EÚ integrovať genetické a evolučné poznatky do plánovania ochrany a presadzovať programy cezhraničného manažmentu a dlhodobého monitorovania s cieľom zabezpečiť pretrvávanie populácií a v konečnom dôsledku aj naďalej poskytovať ekosystémové služby.

DNA Barkóding Elmidae – využitie molekulárnej taxonómie v poznaní biodiverzity vodných chrobákov - VEGA02/0101/16

Chrobáky hrajú kľúčovú úlohu vo fungovaní ekosystémov a sú dôležité pre monitorovanie dopadov environmentálnych zmien. Cieľom projektu je taxonomické spracovanie materiálu Elmidae z celého sveta, analýza nových DNA barkódov, porovnanie taxonómie s využitím klasických (morfológia) a molekulárnych postupov (vyhodnotenie potenciálu DNA dát pre taxonómiu čeľade), deskribcia nových taxónov a zhodnotenie možností využitia DNA barkódingu Elmidae v praxi.

Diverzita a disperzia v metapopuláciách a meta-spoločenstvách malých vodných biotopov - VEGA 2/0030/17

Projekt je zameraný na výskum nedostatočne poznaných ekosystémov malých vodných biotopov, mimoriadne významných z pohľadu biodiverzity. Podstatne rozšíri existujúci súbor dát o spoločenstvách prirodzených malých vodných biotopov nížin a horských oblastí a antropogénne narušených biotopov. Modelovými organizmami budú makrofyty, mäkkýše, zooplanktón a vodný hmyz pre ich indikačnú hodnotu, odlišné ekologické nároky a funkcie v trofických vzťahoch. Hlavným cieľom je spoznanie zákonitostí biologickej diverzity malých vodných biotopov pre ich efektívnu ochranu.

Kryptické refúgiá a vzory diverzifikácie vodných bezstavovcov Západných Karpát - APVV-SK-PL-2015-0042

Fauna vodných bezstavovcov je významnou súčasťou bioty karpatského regiónu, pričom má viaceré dôležité úlohy (zdroj potravy, monitoring, ekologicky významné druhy atď.). Napriek tomu nebola nikdy komplexnejšie študovaná. Projekt bol zameraný na vybudovanie tímu s perspektívou následného štúdia vývoja, fylogenézy a genetickej štruktúry populácií vodných bezstavovcov obývajúcich Západné Karpaty. Súčasťou projektu boli spoločné terénne práce zamerané na zber materiálu, ktorý v súčastnosti slúži aj na získavanie nových barkódingových dát.

Nový projekt

Voľné miesto pre barkódingový projekt zameraný na biodiverzitu našich vôd v spolupráci s vami!! 🙂

Autori fotografií: Matej Žiak, Fedor Čiampor, Zuzana Čiamporová-Zaťovičová, Tomáš Čejka

Zapojte sa!