Progres

 

Zďaleka nie sme na konci, ale niečo sa nám už podarilo

BOLD Database

Výstupy a publikácie

Zapojte sa aj vy!

Čo už máme a čo ešte treba urobiť?

Myšlienka vytvoriť komplexnú referenčnú knižnicu barkódov vodnej bioty Slovenska vznikla približne v roku 2010, intenzívnejšie rozvíjať sme ju začali od roku 2015. K týmto aktivitám nás motivovalo aj zapojenie nášho tímu do nadnárodného projektu Európskej komisie COST DNAqua-net, ktorého jedným z hlavných cieľov je vyplnenie medzier v referenčných knižniciach DNA barkódov európskej sladkovodnej a morskej bioty.

BOLD database - projekt "SKBAF" (Barcoding Aquatic Fauna of Slovakia)

V roku 2016 bol na portáli celosvetovej databázy BOLD (Barcode of Life Data System) založený “kontajnerový” projekt s akronymom “SKBAF” (Barcoding Aquatic Fauna of Slovakia), v ktorom sa zhromažďujú všetky barkódy vyprodukované v rámci iniciatívy AquaBOL.SK. COI sekvencie (fragment cytochrómoxidázy I) sú v ňom evidované v rámci viacerých čiastkových projektov zameraných na rôzne taxonomické skupiny (napr. SKTRI – Trichoptera Slovenska, SKODO – Odonata Slovenska…), alebo špecifické vodné biotopy (napr. SKALP – Fauna alpínskych jazier…)

Zverejňovanie dát

Spoločnou ideou zrejme všetkých barkódingových iniciatív vo svete je vytvoriť verejne plne dostupné databázy sekvencií, využiteľné pre vedecké účely, ako aj prax. V skutočnosti zostáva značná časť barkódov stále privátna, čím zväčša autori chránia výsledky svojho snaženia. Dáta vyprodukované v rámci AquaBOL.SK sú tiež zatiaľ z väčšej časti neverejné, avšak priebežne ich publikujeme a našou snahou je zverejniť ich v plnej miere. V prípade vášho záujmu o prístup k týmto dátam nás, prosím, kontaktujte.

Štandardy barkódingu

AquaBOL.SK sa riadi všeobecne stanovenými štandardmi pre DNA barkóding, ktoré akceptujú všetci prispievatelia. Všetky kroky uskutočňované v priebehu získavania DNA barkódov (odber materiálu, metadáta, dokladový materiál, analýza DNA, vyhodnotenie údajov, zadávanie údajov do databázy BOLD) sa vykonávajú v súlade s pravidlami a požiadavkami stanovenými iniciatívou iBOL (International Barcode of Life): sekvencie DNA barkódov sú generované z organizmov vopred určených (ak je to možné); vzorky sekvenovaných jedincov sú fotografované a uložené v zbierke; zvyšná DNA je uložená v zbierke DNA izolátov; sekvencie a zodpovedajúce metaúdaje sa vkladajú do databázy BOLD. Všetky čiarové kódy v BOLD súvisiace s iniciatívou AquaBOL.SK sú označené značkou „SKBAF“.
AquaBOL.SK sa zaviazal k dodržiavaniu vysokých štandardov a produkovaniu vysoko kvalitných a spoľahlivých údajov pre ďalší výskum a využitie v praxi.

Vodná biota Slovenska - čo nám chýba?

Ešte veľa… Sekvencie mnohých druhov organizmov s výskytom aj na území Slovenska sa v databáze barkódov BOLD už nachádzajú a významne pomáhajú s identifikáciou “našich” druhov, avšak vzorky pochádzajú prevažne z iných krajín. Pre plnohodnotné naplnenie myšlienky barkódingu v praxi, či ďalšom výskume, je však nevyhnutné spoznať a kvantifikovať aj lokálnu a vnútrodruhovú genetickú diverzitu jednotlivých druhov, nehovoriac o potenciálnej kryptickej diverzite, endemických druhoch, atď. Mnohé druhy zatiaľ svoje záznamy v databáze nemajú vôbec. Sekvencií organizmov, ktoré majú skutočne pôvod na území Slovenska, je v databáze zatiaľ žalostne málo (podľa analýzy z roku 2018 databáza BOLD pokrývala napríklad len cca 4 % vodných bezstavovcov z územia Slovenska).

ZOOBentos

Ryby

Zooplanktón

Makrofyty

Autori fotografií: Matej Žiak, Fedor Čiampor, Zuzana Čiamporová-Zaťovičová, Tomáš Čejka

Zapojte sa!